Además del SEMARNAT, existen órganos de gestión del medio ambiente desconcentrados y descentralizados de la Semarnat como los siguientes:
- Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas
- Comisión Nacional del Agua
- Comisión Nacional Forestal
- Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
- Instituto Mexicano de Tecnología del Agua
- Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático
- Procuraduría Federal de Protección al Ambiente